Триптофан относится к незаменимым аминокислотам и необходим для синтеза белка в организме. Бактерии ЖКТ принимают участие в преобразовании триптофана в организме. Известно о нескольких метаболических путях: кинурениновый путь (КР); серотониновый и индоловый. В процессе преобразования триптофана синтезируются следующие соединения: серотонин (5-гидрокситриптамин), мелатонин и кинуренин. Серотонин может синтезироваться из триптофана не только в ЦНС, но и в ЖКТ. Большая часть серотонина (до 90%) производится в ЖКТ бактериями. В ЖКТ серотонин влияет на перистальтику кишечника, вазодилатацию, секрецию и абсорбцию пищевых веществ. Мелатонин играет важную роль в циркадианных ритмах, смены времени суток, процессах засыпания, а также участвует в репродуктивной системе.